巨额财产来源不明罪，1979年的刑法中并没有这个罪名。1982年，全国人大法制委员会提出在《关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定(草案)》中设定巨额财产来源不明罪。1988年全国人大常委会在《关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定》中对该罪名予以了确认，这是我国第一次在法律文件中提出这一罪名，是我国刑事立法的一个重要突破，为惩治腐败犯罪提供了法律依据。近年来，这个罪名在打击腐败分子、制止贪污行为上虽然发挥了一些作用，但是，由于其在犯罪主体、客体和法定刑等方面存在着一些不足，以及由于该罪在配套制度上的极度缺乏，使该罪在反腐现实中难以真正起到打击贪污、腐败犯罪的目的，反而成了许多贪腐案犯的逃生之门。
一、巨额财产来源不明罪的概念、构成及非法所得的计算
（一）巨额财产来源不明罪的概念
1988年，全国人大常委会在《关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定》中规定：“国家工作人员的财产或者支出明显超过合法收入，差额巨大的，可责令其说明来源。本人不能说明来源是合法的，差额部分以非法所得论。”
1997年，刑法修订时，将前述内容修改后纳入刑法第八章贪污贿赂犯罪，列为第395条：“国家工作人员的财产或者支出明显超过合法收入，差额巨大的，可以责令说明来源。本人不能说明其来源是合法的，差额部分以非法所得论，处五年以下有期徒刑或者拘役，财产的差额部分予以追缴。”
2009年，全国人大常委会颁布了刑法修正案（七），对该罪进行了重新修正：“国家工作人员的财产、支出明显超过合法收入，差额巨大的，可以责令该国家工作人员说明来源，不能说明来源的，差额部分以非法所得论，处五年以下有期徒刑或者拘役；差额特别巨大的，处五年以上十年以下有期徒刑。财产的差额部分予以追缴。”
（二）巨额财产来历不明罪的构成
1、犯罪客体：本罪的客体是国家工作人员的职务廉洁性。设立的目的是为了更好地打击贪污腐败行为，当国家工作人员的财产、支出明显超过合法收入并且其贪污犯罪行为难以证实的情况下，把举证责任部分转移给嫌疑人。
2、客观方面：本罪的客观方面表现为行为人即国家工作人员明知自己的的财产、支出明显超过合法收入，且差额巨大，而其本人又不能说明其合法来源的行为。具体包括两方面的内容：首先，行为人的财产、支出明显超过合法收入而且差额巨大。这里所说的“财产”，是指行为人实际拥有的财产，包括现金、有价证券及其他动产和不动产等。“支出”，是指行为人已经支付或交付完毕的款物，包括赠与他人的款物。“合法收入”，是指行为人依法获得的财产，如工资、奖金、继承的遗产、接受馈赠、捐助等。其次，行为人不能说明其拥有的财产、支出与合法收入之间巨大差额的来源及其合法性。行为人不能说明其来源是合法的，包括拒不说明财产来源合法，；行为人无法说明财产的具体来源；行为人故意编造财产来源的合法途径，经调查予以否定的；行为人所说的财产来源因线索不具体等因素，致使司法机构无法查实，等等。差额部分的财产被推定为“非法所得”。
3、犯罪主体：本罪的主体是特殊主体，即国家工作人员。非国家工作人员不能成为犯罪主体。根据《刑法》第93条的规定，国家工作人员是指国家机关中从事公务的人员。国有公司、企业、事业单位、人民团体中从事公务的人员和国家机关、国有公司、企业、事业单位委派到非国有公司、企业、事业单位、社会团体从事公务的人员，以及其他依照法律从事公务的人员，以国家工作人员论处。
4、主观方面。本罪在主观上是直接故意，即行为人明知财产不合法而故意占有，案发后又故意不说明财产的真正来源，或者有意编造财产来源的合法途径。
（三）非法所得的计算
“非法所得”，一般是指行为人的全部财产与能够认定的所有支出的总和减去能够证实的有真实来源的所得。在具体计算时，应注意以下问题：
1、应把国家工作人员个人财产和与其共同生活的家庭成员的财产、支㈩等一并计算，而且一并减去他们所有的合法收入以及确属与其共同生活的家庭成员个人的非法收入；
2、行为人所有的财产包括房产、交通工具、家具、生活用品、学习用品及股票、债券、存款等动产和不动产；行为人的支出应包括合法支出和不合法的支出，包括日常生活、工作、学习费用、罚款及向他人行贿的财物等；行为人的合法收入包括工资、奖金、稿酬、继承、赠与等法律和政策允许的各种收入；
3、为了便于计算犯罪数额，对于行为人的财产和合法收入，一般可以从行为人有比较确定的收入和财产时开始计算。
二、与贪污罪、受贿罪的比较
（一）巨额财产来源不明罪的立案标准高
巨额财产来源不明罪：根据最高人民检察院的规定，涉嫌巨额财产来源不明，数额在３０万元以上的，应予立案侦查。
贪污罪：根据最高人民检察院的规定，国家工作人员有下列情形之一的，应予立案侦查：
1、个人贪污数额在５千元以上的；
2、个人贪污数额不满５千元，但具有贪污救灾、抢险、防汛、防疫、优抚、扶贫、移民、救济款物及募捐款物、赃款赃物、罚没款物、暂扣款物，以及贪污手段恶劣、毁灭证据、转移赃物等情节的。
受贿罪：根据最高人民检察院的规定，国家工作人员有下列情形之一的，应予立案侦查：
1、个人受贿数额在５千元以上的；
2、个人受贿数额不满５千元，但具有下列情形之一的：
（1）因受贿行为而使国家或者社会利益遭受重大损失的；
（2）故意刁难、要挟有关单位、个人，造成恶劣影响的；
（3）强行索取财物的。
（二）巨额财产来源不明罪的处罚轻
1、对犯贪污罪的，根据情节轻重，分别依照下列规定处罚：
（1）个人贪污数额在十万元以上的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，可以并处没收财产；情节特别严重的，处死刑，并处没收财产。
（2）个人贪污数额在五万元以上不满十万元的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产；情节特别严重的，处无期徒刑，并处没收财产。
（3）个人贪污数额在五千元以上不满五万元的，处一年以上七年以下有期徒刑；情节严重的，处七年以上十年以下有期徒刑。个人贪污数额在五千元以上不满一万元，犯罪后有悔改表现、积极退赃的，可以减轻处罚或者免予刑事处罚，由其所在单位或者上级主管机关给予行政处分。
（4）个人贪污数额不满五千元，情节较重的，处二年以下有期徒刑或者拘役；情节较轻的，由其所在单位或者上级主管机关酌情给予行政处分。
对多次贪污未经处理的，按照累计贪污数额处罚。
2、对犯受贿罪的，根据受贿所得数额及情节，依照前述贪污罪处罚方式的规定处罚。
3、对犯巨额财产来源不明罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役；差额特别巨大的，处五年以上十年以下有期徒刑。财产的差额部分予以追缴。
三、查处巨额财产来源不明罪的难点
（一）发现难
1、财产申报制度及配套制度不健全导致难以发现
我国虽有处级以上领导收入申报制度，但由于金融、房产、税收等配套制度的缺乏，使得所谓收入申报制度难以落到实处。比如，我国虽开始实施了存款实名制，但并不禁止公民在多家银行开设不同的账户，也对公民的现金存入未设立审查制度，那么，如果嫌疑人通过在不同的银行开设账户、存入现金来逃避监管，检查部门就难以发现嫌疑人保有的财产与合法收入差额巨大，也难以及时发现某个国家工作人员的收入违法。配套制度的缺失，使收入申报制度名存实亡。
另外，由于现行制度仅仅限制处级以上干部必须申报收入，而对于国家工作人员中最广大数量的处级以下干部却没有强制申报制度，在现实中，县乡两级的国家工作人员直接面对各个利益阶层，直接经手各种国家财产，很容易受到诱惑而涉嫌犯罪。
2、行贿及财产隐匿手段多样化致使难以发现拥有的财产
俗话说：道高一尺魔高一丈，随着反腐倡廉的力度不断加大，贪腐案嫌疑人的反侦查能力也越来越高，贪腐案的嫌疑人隐匿财产的手段也越来越多样化，比如：用亲友的名义收受款项、房屋。
3、现代社会公民隐私意识的增强致使难以发现嫌疑人的支出
进入现代社会，公民隐私意识逐渐增强，在与周围朋友、邻居等的交往过程中，财产信息、工作单位、收入状况等都成为了公民有意识保密的范畴，而反腐部门不可能也无权对每一个国家工作人员的财物支出进行监控，致使难以通过了解某个国家工作人员的支出情况而查获其犯罪线索。
（二）侦查程序启动难
刑事立案有严格的程序，立案时要求已经有具体犯罪事实的初步证据，否则，刑事侦查程序无法启动。而正是由于前述的发现难，国家工作人员即使涉嫌了巨额财产来源不明罪，侦查机关也无从得知。司法实践中，这个罪往往是伴随着官员的“双规”、被举报受贿案等而产生，基本上很少有国家工作人员单独因这个罪名而被立案侦查。
（三）查证难
随着社会的进步，公民财产也以多种形式体现，房屋、交通工具、存款、有价证券、贵金属、宝石等等，由于这些财产的表现形式不同，嫌疑人的藏匿自有财产的方式也多种多样，如果嫌疑人所占有财产的时间长、来源多、种类多，那么，对于查证这些财产来源线索的所消耗的人力、物力也是巨大的，甚至许多的线索根本无法查明。
中国人民银行、财政部关于印发《中央单位财政国库管理制度改革试点资金银行支付清算办法》的通知
中国人民银行财政部
中国人民银行、财政部关于印发《中央单位财政国库管理制度改革试点资金银行支付清算办法》的通知
银发[2002]216号
中国人民银行各分行、营业管理部、省会(首府)城市中心支行，深圳、大连、青岛、宁波、厦门市中心支行；各国有独资商业银行；股份制商业银行；财政部驻各省、自治区、直辖市、计划单列市财政监察专员办事处：
根据《财政国库管理制度改革试点方案》（财库[2001]24号）、《中央单位财政国库管理制度改革试点资金支付管理办法》（财库[2002]28号），结合2001年国库改革试点的实施情况，中国人民银行和财政部对《中央单位财政国库管理制度改革试点资金银行支付清算办法》进行了修订，现印发你们，请遵照执行。
请人民银行各分行、营业管理部、省会（首府）城市中心支行及深圳、大连、青岛、宁波、厦门市中心支行将本办法转发至辖区内各城市（农村）商业银行和城乡信用社。
中国人民银行
财政部
二○○二年七月十六日
中央单位财政国库管理制度改革试点资金银行支付清算办法
第一章 总 则
第一条 为适应财政国库管理制度改革需要,确保财政性资金及时支付与清算，提高财政性资金运行效率和使用效益，规范财政性资金银行支付清算行为，根据《财政国库管理制度改革试点方案》、《中央单位财政国库管理制度改革试点资金支付管理办法》、《银行账户管理办法》、《支付结算办法》及相关法规制度，制定本办法。
第二条 本办法适用于进行财政国库管理制度改革试点的中央预算单位财政性资金的银行支付清算。
第三条 本办法所称财政性资金银行支付清算，是指通过中国人民银行和商业银行资金汇划系统，将财政性资金由国库单一账户体系划拨给收款人或用款单位(以下简称收款人)账户，以及国库单一账户体系中各账户之间资金划拨的行为。
国库单一账户体系由下列银行账户构成：财政部在中国人民银行开设的国库单一账户，财政部在商业银行开设的财政部零余额账户和预算外资金财政专户，财政部在商业银行为预算单位开设的预算单位零余额账户和特设专户。
上述账户体系中国库单一账户和预算外资金财政专户按专用存款账户管理。
第四条 财政性资金的支付与清算必须遵循准确、及时、安全的原则。
第五条 代理银行是具体办理财政性资金支付与清算业务的商业银行。代理银行通过中国人民银行和本行的资金汇划系统，根据支付方式和支付地点的不同，采用同城转账、异地汇兑和现金支付等方式实现财政性资金的支付与清算。
第六条 代理银行应当准确、及时地办理财政性资金的支付与清算业务，对本系统经办行进行监督检查，及时解决资金汇划中出现的问题，并接受中国人民银行与财政部的管理监督。
第七条 代理银行应当具备以下条件：
（一）持有中国人民银行核发的金融机构法人许可证或经营金融业务许可证和工商行政管理部门颁发的营业执照,资金实力雄厚，具有较强的抗风险能力和较好的经营业绩。
（二）具备先进的资金汇划系统，保证本行系统同城转账实时、异地汇划两小时内到账。
（三）内部管理规范，内控制度健全，具有严格的操作规程，并设置相应的业务部门和配备专业工作人员。
（四）中国人民银行和财政部规定的其他条件。
第八条 代理银行总行,代表本系统与中国人民银行签订代理财政性资金银行支付清算协议。协议应包括以下条款：代理财政性资金支付清算的方式；协议双方的权利和义务；违约责任等。
第九条 中国人民银行和财政部对代理银行代理财政性资金支付清算业务进行管理监督。
第二章 账户与凭证
第十条 中国人民银行为财政部开设的国库单一账户，用于与财政部零余额账户、预算单位零余额账户清算。开户时，财政部须向中国人民银行提交开户申请并预留印鉴。
第十一条 代理银行根据财政部的书面通知，依据《银行账户管理办法》的规定，为财政部开设财政部零余额账户、预算外资金专户；为预算单位开设预算单位零余额账户、特设专户。开户时，财政部和预算单位须向代理银行提交开户申请并预留印鉴。
第十二条 代理银行为预算单位开立预算单位零余额账户、特设专户时，须审核以下资料：
（一）预算单位机构设置的批准文件；
（二）财政部同意开户的批准文件；
（三）预算单位预留印鉴（与开户批准文件中被批准单位的签章一致）；
（四）《银行账户管理办法》中规定的证明文件。
代理银行为预算单位开设以上账户，应报中国人民银行国库局备案。
第十三条 预算单位按照规定的程序变更、撤销银行账户时，代理银行应当按《银行账户管理办法》的规定办理，并报中国人民银行国库局备案。
第十四条 财政部零余额账户不得提取现金。因特殊原因，财政部零余额账户中工资分户账在每月19日前可暂时保留贷方余额，该分户账其他日期和其他分户账日终余额为零。
预算单位的零余额账户可提取现金，日终余额为零。代理银行按照国家现金管理的有关规定，在财政部批准的财政授权支付额度内受理现金支付业务。
特设专户和预算外资金财政专户不得提取现金。特设专户如需提现,须报经国务院批准。
第十五条 《××银行××支付申请划款凭证》(附件1)，用于代理银行向中国人民银行申请从国库单一账户清算已支付的财政性资金。
《××银行××支付申请划款凭证》一式五联，各联次用途：
第一联：借方凭证，由中国人民银行国库局作借方凭证；
第二联：贷方凭证，由中国人民银行营业管理部作贷方凭证；
第三联：收账通知，给代理银行作收账通知；
第四联：付款通知，给财政部国库支付机构作回单；
第五联：付款通知，给财政部国库司作回单。
第十六条 《××银行××支付申请退款凭证》(附件2)，用于代理银行向中国人民银行申请清算退回国库单一账户的财政性资金。
《××银行××支付申请退款凭证》一式五联，各联次用途：
第一联：贷方凭证，由中国人民银行国库局作贷方凭证；
第二联：借方凭证，由中国人民银行营业管理部作借方凭证；
第三联：付款通知，给代理银行作付账通知；
第四联：收款通知，给财政部国库支付机构作回单；
第五联：收款通知，给财政部国库司作回单。
第三章 支付与清算
第一节 支 付
第十七条 财政性资金支付包括财政直接支付和财政授权支付。
第十八条 财政部办理财政直接支付时使用《财政直接支付凭证》，预算单位办理财政授权支付时使用支付结算凭证，并以《财政授权支付凭证》作附件。
第十九条 财政部向中国人民银行提交加盖预留印鉴的《财政直接支付汇总清算额度通知单》，用于控制财政部零余额账户的清算额度,并作为中国人民银行国库局在财政直接支付累计额度内,办理代理银行申请划款清算的合法依据。
第二十条 财政部向中国人民银行提交《财政授权支付汇总清算额度通知单》，用于控制财政授权支付的清算额度；向代理银行提交《财政授权支付额度通知单》（根据支付和清算业务需要，财政部同时向中国人民银行提供），用于控制预算单位零余额账户的授权支付额度。
《财政授权支付汇总清算额度通知单》应加盖财政部预留中国人民银行的印鉴，作为中国人民银行国库局在授权支付累计额度内，办理代理银行申请划款清算的合法依据。
《财政授权支付额度通知单》应加盖财政部预留代理银行的印鉴，作为代理银行在授权支付累计额度内，办理财政授权支付款项的合法依据。
第二十一条 财政性资金需要退回国库单一账户的，由代理银行在当日(超过清算时间的在第二个工作日上午)向中国人民银行申请办理退划资金手续，将资金退回国库单一账户，并及时通知财政部或预算单位。中国人民银行国库局恢复相应的财政直接支付额度，代理银行按原渠道恢复预算单位零余额账户财政授权支付额度。
第二十二条 在中央单位财政国库管理制度改革试点期间,财政部将《财政直接支付凭证》以手工方式传递至代理银行，预算单位将《财政授权支付凭证》以手工方式传递至代理银行，代理银行将《××银行××支付申请划款凭证》和《××银行××支付申请退款凭证》以手工方式传递至中国人民银行。经中国人民银行和财政部批准，凭证的传递方式可逐步向电子化方式过渡。
各单位要建立严密的凭证传递与登记手续，确保资金安全。
第二十三条 代理银行在营业日14∶00(含)之前收到的财政部签发的《财政直接支付凭证》和预算单位签发的《财政授权支付凭证》,须将代理支付的财政性资金在当日汇出；在营业日14∶00之后收到的，须将资金在下一营业日上午10∶00前汇出。
代理银行根据财政部零余额账户和预算单位零余额账户的贷方金额,将需要退回国库单一账户的资金,汇总开具《××银行××支付申请退款凭证》，于当日汇出。
代理银行须于营业日15∶00之前将《××银行××支付申请划款凭证》提交至中国人民银行国库局，将《××银行××支付申请退款凭证》提交至中国人民银行营业管理部。
第二十四条 中国人民银行国库局在营业日15∶00（含）之前收到代理银行提交的《××银行××支付申请划款凭证》，应在当日16∶00之前将资金划往代理银行清算账户；15∶00之后收到，须将资金在下一营业日及时划出。
第二十五条 中国人民银行营业管理部在营业日15∶00之前收到的代理银行提交的《××银行××支付申请退款凭证》，经审核无误后，应在当日16∶00之前将资金划往国库单一账户；在16∶00之前收到的中国人民银行国库局提交的《××银行××支付申请划款凭证》，须及时办理转账手续。
第二十六条 财政直接支付
（一）代理银行收到财政部签发的《财政直接支付凭证》，经审核凭证要素填写齐全、准确，大小写金额、签章与预留印鉴等相符后，立即办理支付。
属于系统内支付的，同城实现实时、异地在两小时之内将资金支付到收款人账户。
属于跨系统支付的，同城支付通过同城票据交换将资金于当日提出；异地支付通过中国人民银行电子联行系统，在电子联行系统运行时间内划出。
（二）代理银行办理完支付手续后，将加盖转讫章的《财政直接支付凭证》的相应联次退回财政部。
第二十七条 财政授权支付
（一）财政部于每月25日前将次月增加的按代理银行划分的预算单位用款额度，以《财政授权支付汇总清算额度通知单》的方式通知中国人民银行，以《财政授权支付额度通知单》的方式通知代理银行。《财政授权支付额度通知单》附各级预算单位的月度用款额度明细清单。
（二）代理银行须将各级预算单位的月度用款额度在一个工作日内通知其分支机构，各分支机构须在一个工作日内将月度用款额度通知到相关的预算单位。
（三）预算单位在财政部批准的用款累计额度内，自行开具《财政授权支付凭证》，提交代理银行办理支付业务。
（四）代理银行收到预算单位提交的支付结算凭证及所附《财政授权支付凭证》后，除按本办法第二十六条规定审核有关内容外，还需审核下列内容并作相应处理：
1.支付结算凭证和所附《财政授权支付凭证》填写内容是否相符，若有误，则作退票处理；
2.支付总金额是否超过财政部下达的授权支付用款累计额度，若超出，则拒绝支付。
经审核无误后，将资金支付到收款人账户。具体划转程序比照财政直接支付程序办理。
（五）代理银行办理完支付手续后,将加盖转讫章的《财政授权支付凭证》相应联次退预算单位。
第二十八条 预算单位按规定使用的现金，通过本单位零余额账户支付，代理银行按照国家现金管理的有关规定，比照财政授权支付程序办理。
第二十九条 对于特别紧急支出，代理银行要按照加急业务的程序办理支付。
特别紧急支出,是指经一级预算单位认定，并由国务院或经国务院授权财政部批准的特别紧急事项的资金支出。
第二节 清 算
第三十条 财政性资金的清算，包括财政部零余额账户与国库单一账户的清算、预算单位零余额账户与国库单一账户的清算、财政性资金在代理银行内部和跨系统银行间的清算等。
第三十一条 国库单一账户与财政部零余额账户、预算单位零余额账户之间的资金清算通过代理银行在中国人民银行的准备金存款账户进行。
第三十二条 国库单一账户与预算单位特设专户之间的资金清算通过预算单位零余额账户进行。
第三十三条 单笔支付金额达5000万元(含)人民币以上的,代理银行可在营业日15∶00之前与中国人民银行国库局进行实时清算。
第三十四条 代理银行须向中国人民银行国库局提交加盖代理银行预留中国人民银行国库局印鉴的《××银行××支付申请划款凭证》，作为国库局在财政直接支付汇总清算累计额度、授权支付累计额度内办理财政性资金支付清算的合法依据。
向中国人民银行营业管理部提交加盖代理银行预留中国人民银行营业管理部印鉴的《××银行××支付申请退款凭证》，作为营业管理部办理财政性资金退划国库单一账户的合法依据。
代理银行同时根据实际已支付或退划的财政性资金，填制《申请财政性资金划（退）款汇总清单》（附件3）和《申请财政性资金划（退）款清单》（附件4），作为《××银行××支付申请划款凭证》或《××银行××支付申请退款凭证》的附件。
第三十五条 代理银行于每一营业日终了前，将《××银行××支付申请划款凭证》或《××银行××支付申请退款凭证》从中国人民银行营业管理部提回，分别划往并结平财政部零余额账户和预算单位零余额账户。
第三十六条 国库单一账户划款清算手续
（一）代理银行根据已办理支付的资金，按财政直接支付和财政授权支付，分别开具《××银行××支付申请划款凭证》；在区分财政直接支付和财政授权支付的基础上，按一级预算单位和款级预算科目填制《申请财政性资金划（退）款汇总清单》，按基层预算单位和项级预算科目逐笔填制《申请财政性资金划（退）款清单》，作为《××银行××支付申请划款凭证》的附件，一并提交中国人民银行国库局。
（二）中国人民银行国库局收到《××银行××支付申请划款凭证》及其附件后，审核下列内容，并作相应处理：
1.凭证基本要素填写是否完全、准确，若有误，则退回；
2.《××银行××支付申请划款凭证》的金额与其附件的金额是否一致，若不一致，则退回；
3.财政直接支付申请划款金额是否超出《财政直接支付汇总清算额度通知单》的累计额度，若超出，则拒绝清算；
4.财政授权支付申请划款金额是否超出《财政授权支付汇总清算额度通知单》的累计额度，若超出，则拒绝清算；
5.申请划款金额是否超出国库单一账户的库存余额，若超出，则拒绝清算。
国库局对上述事项审核无误后，将《××银行××支付申请划款凭证》第一联作记账凭证，办理记账手续，会计分录为：
借：中央预算支出——国库单一账户
贷：联行往账
同时填制联行往账贷方报单，附第二、三联提交给中国人民银行营业管理部；将第四、五联加盖转讫章后提交财政部作付款回单。
（三）中国人民银行营业管理部收到国库局划来的联行往账贷方报单和所附《××银行××支付申请划款凭证》，经对凭证基本要素审核无误后，将《××银行××支付申请划款凭证》第二联作记账凭证，办理转账手续，会计分录为：
借：联行来账
贷：××银行准备金存款
同时将第三联提交给申请划款的代理银行作收款通知。
（四）代理银行从中国人民银行营业管理部取回《××银行××支付申请划款凭证》第三联，将资金划往并结平财政部零余额账户或预算单位零余额账户。
第三十七条 国库单一账户退款清算手续
（一）代理银行根据财政部零余额账户和预算单位零余额账户的贷方金额，分别开具《××银行××支付申请退款凭证》；在区分财政部直接支付和财政授权支付的基础上，按一级预算单位和款级预算科目填制《申请财政性资金划（退）款汇总清单》，按基层预算单位和项级预算科目逐笔填制《申请财政性资金划（退）款清单》，并将《××银行××支付申请退款凭证》及其附件提交中国人民银行营业管理部，主动将退划资金划转国库单一账户。
（二）中国人民银行营业管理部收到代理银行退划国库单一账户款项时，经审核无误后，将《××银行××支付申请退款凭证》第二联作记账凭证，办理记账手续，会计分录为：
借：××银行准备金存款
贷：联行往账
同时将第一、四、五联及其附件，随联行往账贷方报单划转中国人民银行国库局，将第三联提交给申请退款的代理银行作付款通知。
（三）中国人民银行国库局收到中国人民银行营业管理部划转的代理银行退划国库单一账户款项时，经审核无误后，将《××银行××支付申请退款凭证》第一联作记账凭证，办理记账手续，会计分录为：
借：联行来账
贷：中央预算支出——国库单一账户
同时将第四、五联加盖转讫章后提交财政部作收款回单。
（四）代理银行从中国人民银行营业管理部取回《××银行××支付申请退款凭证》第三联作付款通知。
第三十八条 营业终了，因特殊原因财政部零余额账户和预算单位零余额账户出现余额时，代理银行应造册登记，注明原因备查，并将有关信息于次日上午反馈中国人民银行和财政部。
第三十九条 代理银行内部资金清算办法，由代理银行根据有关规定自行制定，并报中国人民银行和财政部备案。
第三节 差错处理
第四十条 中国人民银行、财政部、代理银行、预算单位等各相关部门（单位）应认真办理财政性资金支付业务。如有差错，要查明原因，分清责任，遵循“谁的差错谁更正，谁的差错谁负责”的原则，及时办理更正。
第四十一条 代理银行、收款人开户银行,发现《财政直接支付凭证》、支付结算凭证及所附《财政授权支付凭证》存在要素不全、收款人账号与户名不符、大小写金额不符、签章与预留印鉴不符、签发日期与提交日期不符等错误时，应及时作退票处理。
第四十二条 代理银行与中国人民银行清算资金不一致时，双方应认真核对，查明原因，及时办理更正。
第四十三条 代理银行内部在办理资金汇划、同城票据交换等业务出现差错时，按照有关制度规定进行更正。
第四章 查询与对账
第四十四条 根据中国人民银行、财政部和预算单位的要求，代理银行可以通过电话银行、网上银行等方式提供实时查询服务，供其查询本单位及下属预算单位的当日及历史发生额明细情况等信息。
第四十五条 代理银行应当按规定格式和要求编报财政支出日报表和财政支出月报表。
代理银行按日（节假日顺延，下同）向财政部和预算单位报送前一工作日的财政支出日报表，报表按基层预算单位，分预算科目的类、款、项（基本建设支出、科技三项费用、专项类支出列到项目）编报。
代理银行每月2日前向中国人民银行国库局、财政部和各预算单位报送上一月的财政支出月报表，报表按一级预算单位，分预算科目的类、款、项（基本建设支出、科技三项费用、专项类支出列到项目）编报。
第四十六条 中国人民银行与财政部、代理银行之间，代理银行与财政部、预算单位之间要建立相应的对账制度，加强日常账务核对，保证各方账目记录相符。
（一）中国人民银行每日向财政部报送国库单一账户库存表，核对国库单一账户库存余额。
（二）代理银行每月2日（法定节假日顺延）前向中国人民银行国库局和财政部报送上月的财政部零余额账户对账单和预算单位零余额账户对账单(附件5)，核对财政部零余额账户、预算单位零余额账户与国库单一账户之间的清算发生额。
（三）代理银行每月向预算单位提供预算单位零余额账户对账单，核对月度财政授权支付发生额。
第五章 责任与处罚
第四十七条 财政性资金支付与清算所涉及的各方应遵守结算纪律，严格按照本办法的各项规定管理账户和办理清算业务，未按本办法的有关规定办理业务的，责任由违反方承担。
第四十八条 财政部签发的《财政直接支付汇总清算额度通知单》的金额与《财政直接支付凭证》的汇总金额不符，《财政直接支付凭证》的收款人与实际的收款人不符，国库单一账户的库存余额不足以支付代理银行在财政授权支付额度内开具的申请划款金额，造成损失的，责任由财政部承担。
第四十九条 中国人民银行未按规定的时间和手续与代理银行进行资金清算，造成代理银行损失的，责任由中国人民银行承担。
第五十条 因《××银行××支付申请划款凭证》和《××银行××支付申请退款凭证》填写有误、《××银行××支付申请划款凭证》和《××银行××支付申请退款凭证》的金额与《申请财政性资金划（退）款汇总清单》的金额不一致，导致中国人民银行未能及时与代理银行进行资金清算，造成损失的，责任由代理银行承担。
第五十一条 因预算单位向代理银行提交的《财政授权支付凭证》、账户开设、变更与撤销的资料不真实、不准确等原因，造成财政性资金流失和代理银行损失的，责任由预算单位承担。
第五十二条 代理银行未及时办理财政性资金支付或违反规定要求，将财政性资金支付给收款人以外的个人或单位，责任由代理银行承担，并负责追回错划款项，按占用时间和金额支付应付利息。情节严重的，由财政部取消其代理资格。
第五十三条 代理银行在办理财政性资金支付业务中，存在向中国人民银行国库局申请划款金额超过代理银行实际清算金额行为的，责任由代理银行承担，并及时退回多划款项，按占用时间和金额支付应付利息。情节严重的，由财政部取消其代理资格。
第五十四条 代理银行在办理财政性资金支付业务中，存在占压零余额账户贷方余额资金行为的，由中国人民银行按照《金融违法行为处罚办法》的有关规定进行处罚。情节严重的，由财政部取消其代理资格。
第六章 附 则
第五十五条 《财政直接支付凭证》和《财政授权支付凭证》由财政部统一印发；《××银行××支付申请划款凭证》和《××银行××支付申请退款凭证》由中国人民银行统一印发。
第五十六条 本办法由中国人民银行会同财政部负责解释和修订。
第五十七条 本办法自印发之日起施行。《中国人民银行财政部关于印发〈中央单位财政国库管理制度改革试点资金银行支付清算办法〉的通知》(银发［2001］259号)同时废止。